L’importance de la structure et de la fonctionnalité de la communauté microbienne dans les systèmes de culture est de mieux en mieux reconnue. La liste des fonctions attribuées aux microbes dans les sols est de plus en plus longue et les facteurs de la composition et du fonctionnement de la communauté microbienne ont été suggérés. Dans ce scénario, l’amélioration des connaissances sur le système microbien doit également reposer sur des théories écologiques, telles que celles dérivées et largement utilisées pour les communautés d’animaux et de plantes. Nous discutons ici de l’importance des modèles écologiques qui sont disponibles en R. Nous discutons aussi le lien entre les facteurs environnementaux les plus importants et l’assemblage et le fonctionnement des communautés microbiennes dans les systèmes de culture seraient mieux réalisés en utilisant des théories écologiques intégrant la partition microbienne, comme identifier et étudier la communauté microbienne principale (ou «core»). Nous pensons que ces approches, basées sur les théories écologiques et la modélisation, pourraient mieux révéler l’intégration des communautés microbiennes avec d’autres composants des systèmes de culture.

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