Avec l’avènement des sciences omiques dans le domaine de la biologie vient un besoin criant pour la création d’outils d’analyse des mégadonnées générées. Ceci s’avère le cas des études combinant la génomique à la métabolomique, nommées mGWAS, qui rapportent des associations gène(s)-métabolite(s). Notre objectif est de concevoir un outil permettant l’annotation quantitative des données mGWAS afin de faciliter leur interprétation en utilisant la distance réactionnelle (dr) comme métrique. Nous avons conçu un package R, PathQuant, d’après les standards de Bioconductor en exploitant le cadriciel RStudio et guidée par les tests unitaires (Runit) selon les bonnes pratiques de programmation en développement de logiciel. Le processus d’annotation comprend : 1) la création de graphes représentant la carte des voies métaboliques de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), et 2) la classification, la cartographie et le calcul du dr pour chaque association gène-métabolite. L’annotation des données de l’étude mGWAS de Shin et al. (2014) a permis un tri rapide des 299 associations rapportées et révèle que 73% des associations impliquant un gène codant pour une enzyme sont à une distance inférieure à 5 des métabolites auxquels ils sont associés. PathQuant affiche des attributs de qualité logicielle dont la performance et la fiabilité pour une annotation rapide des données mGWAS. Ce package peut être modifié afin d’intégrer d’autres bases de données en vue de rehausser la valeur biologique de cette annotation et faire en sorte qu’il devienne un outil d’analyse incontournable en métabolomique.

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