Durant les deux dernières décennies, la place des simulations par ordinateur en écologie a connu une progression fulgurante. Nous proposons ici un survol des méthodes de simulation les plus utilisées en écologie, ainsi que de leur implémentation et utilisation dans R, en partant des modèles « multi-équilibre » à l’échelle du paysage pour aller jusqu’aux modèles basés sur l’individu. Nous définirons également le domaine d’applicabilité et les types de questions auxquelles ces méthodes répondent le plus fréquemment.
L’utilisation de simulations par ordinateur s’avère une approche intéressante pour comprendre les processus à l’œuvre dans les cas où la complexité des systèmes écologiques est telle que l’observation ou l’expérimentation ne sont pas en mesure de tester ou d’identifier les processus sous-jacents à un phénomène. Ces méthodes de simulations peuvent généralement s’adapter et être utiles à d’autres disciplines devant également composer avec la complexité de leurs systèmes d’étude.
Outre leur réplicabilité et leur faible coût, les études in silico comportent également des avantages très importants. En effet, simuler un système permet de connaître et contrôler les processus que l’on souhaite étudier en modifiant les paramètres utilisés. Par ailleurs, la possibilité de connaître l’état de chaque variable à n’importe quel moment de la simulation favorise une étude et une compréhension plus détaillée du système. Ensuite, si les études in silico peuvent servir à mieux comprendre les processus sous-jacents à un phénomène, elles s’avèrent également très utiles pour développer et évaluer l’efficacité des méthodes statistiques.