Le langage de programmation R offre la possibilité de construire des fonctions qui renvoient des fonctions. Le principal avantage de cette technique est qu’elle permet d’avoir le contrôle sur les fonctions renvoyées (par exemple, évaluer une fonction de log-vraisemblance à différentes valeurs de ses paramètres pour effectuer des tests du rapport de vraisemblance). Nous avons utilisé cette technique pour développer le package SPmlficmcm disponible sur CRAN et sa Shiny App. Ledit package implémente une méthode d’estimation semi-paramétrique du maximum de vraisemblance proposée par Chen et al. (2012) ainsi que son extension proposée par Nguile-Makao et Bureau (2015) pour résoudre le problème d’analyse des effets d’interaction gène-environnement sur les risques de complications obstétriques dans un devis cas-témoins de couples mère-enfant prenant en compte dans l’estimation le lien parental entre la mère et son enfant. Le calcul de la log-vraisemblance se fait en deux étapes : 1) la construction et la résolution d’un système d’équation non-linéaire à partir des données, et 2) l’évaluation de la fonction de log-vraisemblance à partir de la solution du système non-linéaire et des données. Notre travail a été d’implémenter cette méthode en R avec la contrainte de contrôle sur le système non-linéaire et la fonction de log-vraisemblance. Programmer une fonction R qui renvoie la fonction de log-vraisemblance nous a permis de résoudre le problème à moindre coût de calcul.

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